戦艦以外の味方機体は、２機１組のユニット（ツインユニット）を組み、１つの部隊として運用することが出来ます。ツインユニットを用いれば、マップに出撃できる機体の数が増え、一度の攻撃で敵により多くのダメージを与えられます。
ツインユニットを組む方法は以下の通りです。
インターミッションで機体を選択し、部隊編成を行います。
ツインユニットは、機体の移動タイプや武器の性能が似通った者同士で組むのが基本です。
なお、インターミッションでは、自動編成を行うことも可能です。
予め設定された機体の乗せ換えを行う「ベーシックオーダー」と、レベルや移動力、移動タイプなどを元にし、バランスがいい編成を行う「バランスオーダー」の２種類があります。
シングルユニット同士が周囲８マスにいる場合、個別コマンド「合流」を使用することで、ツインユニットを組むことが出来ます。
また、個別コマンド「解散」によって、ツインユニットをシングルユニットにすることも可能です。
